En la bahía de Iquique los primeros vestigios humanos se remontan a 6.000 años. Entonces, grupos nómades y semisedentarios llegaron al lugar aprovechando las hoy desaparecidas aguadas del sector y la diversidad de productos que ofrecía el mar.Iquique fue parte también del gran Imperio de los Incas, que extraían guano de las islas y costas del litoral, para los cultivos de terrazas, que desarrollaron esas culturas precolombinas. El Imperio de los Incas era un don del océano y de los Andes: del guanay que fecunda la tierra; de la llama, que liga todos los puntos de las cordilleras.
En 1556, época colonial, se inició la explotación del mineral de plata de San Agustín de Huantajaya, ubicado en lo que hoy es la comuna de Alto Hospicio, lo que convirtió a Iquique en puerto de desembarque de los trabajadores y productos que requirió la actividad minera. La plata, sin embargo, no se embarcó por Iquique, pues las Cajas Reales estuvieron situadas en Arica, lo que, sumado a la falta de agua, no incentivó el poblamiento del lugar, que en todo el período colonial no superó los 100 habitantes. Iquique se conocía en la época de la colonia como el Puerto de Tarapacá.
La fisonomía de la pequeña aldea cambió durante el siglo XIX con el llamado ciclo del salitre que convirtió a Iquique en el eje del comercio del preciado nitrato. El 26 de junio de 1855 fue reconocido como Puerto Mayor, el 11 de julio de 1866 se declara ciudad y el 23 de agosto de 1874 Capital de la provincia de Tarapacá. Los privilegios concedidos al puerto y el crecimiento explosivo de las actividades salitreras se reflejaron en el progresivo aumento del número de habitantes y el en el paulatino mejoramiento de la infraestructura y arquitectura de la ciudad.
La Guerra del Pacífico y el inicio de la administración chilena, 23 de noviembre de 1879, y creación de la Junta Municipalidad de Iquique, 25 de noviembre de 1879, por Patricio Lynch, que tuvo como primer alcalde a Eduardo Lapeyrouse, determinó el desarrollo urbano de Iquique, especialmente después de la decadencia de la industria salitrera y la necesidad urgente de afianzar la soberanía nacional de Tarapacá, el Estado chileno debió formular una serie de políticas especiales para el desenvolvimiento e integración de la región al territorio nacional. En este contexto, en el período que predominó la iniciativa estatal, Arica fue privilegiada para el desarrollo, ante el cual Iquique sufrió un período de estancamiento relativo.
A partir de 1974, la región comenzó a ser administrada bajo una lógica de defensa militar del territorio. Iquique se potenció como capital regional y a disfrutar de las franquicias aduaneras que en el pasado impulsaron el desarrollo de Arica. De este modo, se aseguró el crecimiento económico y la consolidación administrativa de un área alejada de una eventual zona de conflicto, que además poseía la ventaja de estar geográficamente protegida tres profundas quebradas que dificultarían un potencial avance enemigo.
A partir de 1992, la creación de Zonas Francas en Tacna e Ilo, en Perú, y en La Paz y Oruro, en Bolivia, disminuyó la importancia de Iquique como Zona Franca. No obstante, las inversiones mineras crearon un nuevo modo de ordenamiento del territorio regional a través del sistema de trabajos por turnos. Los trabajadores y empleados deben dejar a sus familias en la ciudad de Iquique durante los cuatro días que residen en el campamento minero. Esto permitió la emergencia y consolidación de nuevos barrios, supermercados, malls en el litoral costero y de poblaciones en Alto Hospicio y, al mismo tiempo, reforzó la gravitación urbana de Iquique.
